THU Compound Libraries
I. Drug-like Libraries
类药化合物在分子量、氢键供受体、脂水分配系数等理化性质和结构方面都经过了一系列成药性规则的筛选，是高通量筛选苗头化合物、发现新结构药物分子的重要工具。平台储备了多个不同数量级别、覆盖丰富骨架结构和药效团（结构多样性＞98%）的类药库以供选择：
1. ChemBridge DIVERSet-CL Library (NM1319-1)-50,000 cmpds
来自ChemBridge核心库的代表性类药化合物，符合Lipinski等类药规则、结构多样、覆盖广泛的药效团。
ChemBridge DIVERSet-CL Library NM1319-1 - 50,000 cmpds.xlsx
2. ChemBridge DIVERSet-CL Library (NM1334-2)-20,000 cmpds
来自ChemBridge核心库的代表性类药化合物，符合Lipinski等类药规则、结构多样、覆盖广泛的药效团。
ChemBridge DIVERSet-CL Library NM1334-2 - 20,000 cmpds.xlsx
3. ChemBridge Core Library (NM1334-3)-120,000 cmpds
从ChemBridge核心库中遴选出的12万结构代表性分子，新库具有更丰富的Sp3杂化，使得化合物分子在三维空间具有更好的成药性。
ChemBridge Core Library NM1334-3-120,000 cmpds.xlsx
4. ChemBridge DIVERSet-EXP Library (NM1334-1)-50,000 cmpds
由ChemBridge从各处收集并筛选生成的、具有不同于核心库化学空间的类药分子集合。
ChemBridge DIVERSet-EXP Library NM1334-1- 50,000 cmpds.xlsx
5. ChemDiv SmartTM Library-53,200 cmpds
该库由AI辅助设计，采用生物电子等排策略、模仿已知活性化合物定向合成的类药分子集合。
ChemDiv·SmartTM Library-53,200 cmpds.xlsx
6. ChemDiv Diversity Main Library-100,000 cmpds
从ChemDiv核心库中遴选出的10万个代表性分子，结构多样性通过tanimoto相似度打分，骨架结构充分考虑3D空间和Fsp3分布范围。所有分子都通过REOS和PANIS不良结构筛选，且具有MCE-18 (Medicinal Chemistry Evolution)高分值。
Chemdiv Diversity Main Library -100,000 cmpds.xlsx
7. Life Chemicals Pre-plated Diversity Sets-30,080 cmpds
来自Life Chemicals核心库的代表性类药化合物，符合Lipinski等类药规则、已排除PAINS、不稳定化合物。
LifeChemicals·Pre-plated Diversity Sets-30,080 cmpds.xlsx
8. Selleck Express-Pick Library-4,208 cmpds
Pfizer来源的类药化合物。
Selleck Express-Pick Library - 4,208 cmpds.xlsx
9. Golden Scaffold Library-10,000 cmpds
从ChemDiv核心库中精选出来的代表性类药化合物，涵盖5000种骨架结构。
Golden Scaffold Library-10,000 cmpds.xlsx
10. Scaffolds and Scaffold-based Compounds-5,600 cmpds
通过专利检索，并与eMolecules数据库进行相似性确认的代表性类药化合物。
Scaffolds and Scaffold-based Compounds-5,600 cmpds.xlsx
II. Bioactive Libraries
已知活性化合物的生物学效应已经得到验证，有的已经获批上市或获准临床试验，一般比较容易透过细胞膜，靶点比较明确，作用于细胞内特定的靶蛋白，调控细胞内的信号通路，是小分子药物发现和老药新用的重要来源。
1. MCE Bioactive Compound Library-9,528 cmpds
9,528种具有生物活性的小分子化合物，涵盖上百种靶点，可用于癌症、干细胞、神经通路及免疫等相关领域，已上市或处于临床期。
MCE Bioactive Compound Library-9,528 cmpds.xlsx
2. Representative Bioactive Compound Library-11,585 cmpds
11,585个具有代表性的生物活性分子，包括了正在进行临床前研究、临床期的和已经上市的化合物集合。
Representative Bioactive Compound Library-11,585 cmpds.xlsx
3. Drug-like Bioactive Library-8,000 cmpds
基于ChEMBL数据库筛选的，生物学活性经过确认的化合物集合。
Drug-like Bioactive Library-8,000 cmpds.xlsx
4. APExBIO FDA-approved Drug Library Plus-1,971 cmpds
1,971种获得上市批准的原料药的集合。
APExBIO FDA-approved Drug Library Plus-1,971 cmpds.xlsx
5. Selleck FDA-Approved Drug Library-2,572 cmpds
2,572种获得上市批准的原料药的集合。
Selleck FDA-approved Drug Library-2,572 cmpds.xlsx
6. Selleck FDA-Approved Drug Library-II-3,113 cmpds
FDA、EMA、HMA、CFDA、PMDA等获批药物和药典收录的API。
Selleck FDA-approved Drug Library-II-3,113 cmpds.xlsx
7. Selleck Preclinical/Clinical Compound Library -965 cmpds
临床前试验的分子，具有详细的临床阶段信息和靶点等生物信息。
Selleck Preclinical&Clinical Compound Cherry Pick Library-965 cmpds.xlsx
8. MCE Bioactive Compound Plus Library-5,984 cmpds
新增约6,000个活性分子，其中约1,300个靶向代谢酶/蛋白酶活性分子，另外包含与PROTACs相关分子以及ADC Cytotoxin或者RDCs等。
MCE Bioactive Compound Plus Library-5,984 cmpds.xlsx
III. Natural Compound Libraries
天然产物来源的化合物单体，包括糖类和糖苷、苯丙素类、醌类、黄酮类、萜类、类固醇、生物碱、酚类、酸和醛等，大多提取自中草药植物、动物以及微生物等，结构新颖，是生物活性小分子筛选和药物开发的理想选择。
1. Natural Product Library for HTS- 4,160 cmpds
4,320种具有代表性的天然产物单体，来源丰富、结构多样，包含了众多单价极高的稀有天然产物。
Natural Product Library for HTS-4,160 cmpds.xlsx
2. BBP Natural Product Library-3,200 cmpds
3,200种基于云南药物植物多样性开发的天然产物的独特集合。
BBP Natural Product Library-3,200 cmpds.xlsx
3. TargetMol Natural Compound Library-409 cmpds
TargetMol Natural Compound Library-409 cmpds-new.xlsx
4. MCE Natural Product Library-1,384 cmpds
MCE Natural Product Library-1,384 cmpds.xlsx
5. Pharmacodia Natural Product Library-935 cmpds
Pharmacodia Natural Product Library-935 cmpds.xlsx
IV. According to Disease Types or Signaling Pathway Libraries
1. GPCR/G Protein Compound Library-2,193 cmpds
已上市药物三分之一的靶点为G蛋白偶联受体（GPCR）。GPCR是重要的一类膜蛋白受体，参与人体多种信号转导。该库即靶向GPCRs的小分子化合物集合，靶点包括5-HT Receptor、Dopamine Receptor、Opioid Receptor、Adrenergic Receptors、Cannabinoid Receptor、mGluR、ETA Receptor等多种GPCR蛋白。
GPCRG Protein Compound Library-2,193 cmpds.xlsx
2. Kinase Inhibitor Library-1,513 cmpds
主要靶向对蛋白激酶 (VEGFR、EGFR、BTK、CDK、Akt等)、脂质激酶 (PI3K、PI4K、SK等) 和碳水化合物激酶（己糖激酶）等。
Kinase Inhibitor Library-1,513 cmpds.xlsx
3. Anti-virus Compound Library-508 cmpds
抗病毒活性化合物，包括SARS冠状病毒、HBV、HCV、HIV、HSV、流感病毒等。
Antiviral Compound Library -508 cmpds.xlsx
4. Anti-Bacterial Compound Library-620 cmpds
具有明确抗细菌活性的化合物。
Antibacterial Compound Library-620 cmpds.xlsx
5. Immunology/Inflammation Compound Library-1,723 cmpds
针对免疫炎症相关信号通路的化合物，主要靶向 NF-kB、JAK、STAT、COX、Interleukin Related、IRAK、MyD88、PDE、PD-1/PD-L1、TLR等靶点。
Immunology or Inflammation Compound Library-1,723 cmpds.xlsx
6. Membrane Transporter/Ion Channel Compound Library-713 cmpds
与膜转运及离子通道相关的生物活性化合物，靶点包括Potassium Channel、Calcium Channel、Sodium Channel、iGluR、GLUT、GABA Receptor等。
Membrane Transporter Ion Channel Compound Library-713 cmpds.xlsx
7. Epigenetics Compound Library-643 cmpds
表观遗传相关的化合物，主要靶向HDAC、Histone Demethylase、Histone Acetyltransferase (HAT)、DNA Methyltransferase (DNMT)、Epigenetic Reader Domain等表观遗传信号通路中的主要靶点。
Epigenetics Compound Library-643 cmpds.xlsx
8. Neurotransmitter Receptor Compound Library-968 cmpds
神经递质受体相关的化合物，主要靶向mAChR、nAChR、Adrenergic Receptor、Dopamine Receptor等受体。
Neurotransmitter Receptor Compound Library-968 cmpds.xlsx
9. CNS-penetrant Compound Library-471 cmpds
具有明确报道可以透过血脑屏障的小分子化合物。
CNS-Penetrant Compound Library-471 cmpds.xlsx
10. Stem Cell Signaling Compound Library-388 cmpds
与干细胞调控相关的小分子化合物，主要靶向GSK-3、 Hedgehog、 Notch、JAK、 ROCK、 Wnt等靶点。
Stem Cell Signaling Compound Library-388 cmpds.xlsx
11. Reprogramming Compound Library-1,096 cmpds
主要作用于细胞重编程相关的信号通路的化合物。
Reprogramming Compound Library-1,096 cmpds.xlsx
12. Cell Cycle/DNA Damage Compound Library-950 cmpds
与细胞周期调控、 DNA损伤及修复相关的化合物。
Cell Cycle or DNA Damage Compound Library-950 cmpds.xlsx
13. APExBIO·Anti-cancer-Compound-Library Plus-1,777 cmpds
抗癌活性已知、覆盖多个抗癌靶点和通路。
APExBIO·Anti-cancer-Compound-Library Plus-1,777 cmpds.xlsx
V. Other Specialty Libraries
1. Human Metabolite Library-916 cmpds
人源性代谢产物，可用于代谢相关的研究及药物开发筛选。
MetaSci Human Metabolite Library -916 cmpds.xlsx
2. Macrocycles Library-10,000 cmpds
分子量大多分布在400-750 Da范围，初级环原子数为13-21个，有的骨架中包含肽骨架元件，或者融合环形式。大环分子具有扩大分子间接触表面积的独特能力，可以降低分子整体极性，增强膜穿透性等，为抗菌、抗病毒和PPI等难成药靶点提供了新途径。
Macrocycles Library-10,000 cmpds.xlsx
3. Fragments Library-3,000 cmpds
该片段库根据Astex三原则和其它结构过滤器筛选而来，MW≤300，氢键供体≤3，氢键受体≤3, cLogP≤3，以及可旋转键数限制(RB≤3)和TPSA限制(TPSA≤120)，适合基于片段的药物设计（fragment-based drug design, FBDD）。
Fragments Library-3,000 cmpds.xlsx
4. Covalent Library-549 cmpds
该共价库的挑选原则是在片段分子三原则的基础上，挑选了含有丙烯酰胺、活化末端乙炔、磺酰氟化物/酯、氯乙酰胺等常规共价靶头（warhead）的分子，并进行了Chiral pick，将clogP控制在4以内，并排除了特殊活性基团-I, -NO2等。与非共价抑制剂相比，共价弹头靶向特定靶蛋白的稀有残基，可以用于开发高选择性的抑制剂。
Covalent molecule Library-549 cmpds.xlsx
化合物库使用申请表下载： 
清华大学药学技术中心化合物库使用申请登记表-2024年11月版本.pdf
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清华大学药学技术中心
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